Η είσοδος των Γερμανών στη Βουλγαρία και η αποχώρηση των ελληνικών δυνάμεων από τη Θράκη, είχε σοβαρό αντίκτυπο στο ηθικό του πληθυσμού και των αρχών. Για να προληφθεί η διαγραφόμενη πανικόβλητη έξοδος των κατοίκων, έσπευσε στην περιοχή κυβερνητικό κλιμάκιο, προσπαθώντας να καθησυχάσει τον πληθυσμό, ιδιαίτερα των φτωχότερων τάξεων. Στην Αλεξανδρούπολη μάλιστα, διανεμήθηκαν 3.000 όπλα για την προστασία από τους Βουλγάρους άτακτους, που αναμένονταν να εισβάλουν πίσω από το γερμανικό και το βουλγαρικό στρατό.
Ουσιαστικά η Θράκη είχε εκκενωθεί στρατιωτικά και παρέμειναν μόνο οι φρουρές των οχυρών Νυμφαίας και Εχίνου μαζί με ελάχιστες δυνάμεις προκαλύψεως για να επιβραδύνουν τον εχθρό και να πολεμήσουν για την τιμή των όπλων. Η πραγματικότητα αυτή ισοδυναμούσε με εγκατάλειψη του ελληνισμού της Θράκης, που θα ανέβαινε μόνος του το Γολγοθά.Η βραχεία περίοδος της γερμανικής κατοχής (εικοσαήμερη περίπου) δεν σημαδεύτηκε από σημαντικά γεγονότα. Η πολιτική διοίκηση συνέχισε να ασκείται από τις ελληνικές αρχές.
Από το τρίτο δεκαήμερο του Απριλίου όμως, με την άδεια των Γερμανών εμφανίστηκαν τα πρώτα βουλγαρικά στρατεύματα, ενώ οι γερμανικές δυνάμεις από τις αρχές του δεύτερου δεκαήμερου του Μαΐου, άρχισαν να εκκενώνουν τμηματικά την περιοχή. Οι Βούλγαροι κατέλαβαν βίαια τα δημόσια κτίρια, εκδίωξαν όλους τους Έλληνες υπαλλήλους και ανέλαβαν τη διοίκηση.Οι Μητροπολίτες ειδοποιήθηκαν να διατάξουν την άμεση εξάλειψη των ελληνικών επιγραφών από τους Ναούς και να μνημονεύουν στο εξής στις θείες λειτουργίες το βασιλιά Βόρη και το Βούλγαρο Έξαρχο. Ταυτόχρονα τέθηκε σε εφαρμογή το μεγαλόπνοο σχέδιο βουλγαροποίησης της περιοχής:
α) Επιβλήθηκε η χρησιμοποίηση της βουλγαρικής γλώσσας στις επιγραφές των καταστημάτων.
β) Καθορίστηκε ως μοναδική γλώσσα συνεννοήσεως με τις αρχές η βουλγαρική.
γ) Έκλεισαν όλα τα ελληνικά σχολεία, στη θέση των οποίων θα λειτουργούσαν βουλγαρικά.
δ) Δόθηκε διαταγή να εφοδιαστούν όλα τα καταστήματα και τα σπίτια με βουλγαρικές σημαίες.
ε) Οι ελληνικές ονομασίες των οδών αντικαταστάθηκαν με βουλγαρικές.
στ) Τα περισσότερα ηρώα και μνημεία καταστράφηκαν, ενώ στα υπόλοιπα σβήστηκαν οι ελληνικές επιγραφές. Στην Κομοτηνή καταστράφηκαν οι βυζαντινοί κίονες που χρησιμοποιήθηκαν για την ανοικοδόμηση του παρεκκλησίου της Αγίας Παρασκευής καθώς και τμήμα του ιστορικού της φρουρίου με ελληνική επιγραφή.
Οι Βούλγαροι προσπάθησαν επιπλέον να αποστερήσουν τον ελληνικό πληθυσμό από τους πνευματικούς ηγέτες και τα ηθικά στηρίγματά του. Πρώτοι απελάθηκαν στη γερμανοκρατούμενη Ελλάδα οι Μητροπολίτες, οι οποίοι ειδοποιήθηκαν να αποχωρήσουν από τις έδρες τους μέσα σε ελάχιστο χρονικό διάστημα.Οι επιστήμονες, οι διανοούμενοι και γενικά όσοι μπορούσαν να επηρεάσουν τον πληθυσμό λόγω της μόρφωσης και του κύρους τους εκδιώχθηκαν.Η ανάληψη της οικονομικής ζωής από τους κατακτητές ήταν απαραίτητη προϋπόθεση για την πλήρη βουλγαροποίηση.
Οι περιουσίες αυτών που είχαν καταφύγει στη γερμανοκρατούμενη Ελλάδα δημεύτηκαν και μόνο όσοι επιστρέφοντας δήλωναν ότι είναι … βουλγαρικής καταγωγής, έσωζαν τα υπάρχοντά τους. Σε άλλες περιπτώσεις εφαρμόστηκε η μέθοδος του αναγκαστικού συνεταιρισμού ή ακόμα και ο εξαναγκασμός σε υπογραφή δηλώσεων, με τις οποίες οι Έλληνες … δωρίζαν τις περιουσίες τους στο βουλγαρικό δημόσιο. Το Νοέμβριο του 1941 επιβλήθηκαν εξοντωτικοί φόροι που κάλυπταν σχεδόν την αξία των ακινήτων τα οποία υποτίθεται ότι φορολογούσαν, ενώ οι φόροι εισοδήματος ήταν μυθωδώς δυσανάλογοι με τα πραγματικά κέρδη των επαγγελματιών, των εμπόρων και των βιοτεχνών.
Η υπεραυτάρκης και με μεγάλα αποθέματα εγχωρίων προϊόντων Θράκη, εξαιτίας των κατασχέσεων, της καταλήστευσης, των απελάσεων και της ανασφάλειας που επικρατούσε, βρέθηκε πολύ σύντομα σε οικτρή επισιτιστική κατάσταση. Η εξεύρεση τροφίμων ειδικά στα αστικά κέντρα ήταν σχεδόν αδύνατη και οι Έλληνες ούτε καν το δελτίο διανομής άρτου μπορούσαν να αγοράσουν. Χρυσά σκεύη, πολύτιμα έργα τέχνης, οικογενειακά κειμήλια, επιστημονικές βιβλιοθήκες και γενικά ό,τι μπορούσε να πουληθεί, εκποιούνταν σε εξευτελιστικές τιμές για να εξασφαλιστεί η αγορά λίγων γραμμαρίων ψωμιού άθλιας ποιότητας.Ο ελληνικός πληθυσμός βρέθηκε εμπρός σε μεγάλα οικονομικά και ψυχολογικά διλήμματα.Σε όσους κάμπτονταν και υπέβαλλαν δήλωση περί βουλγαρικής εθνικότητας δίδονταν άφθονες υλικές παροχές. Εντούτοις ελάχιστοι -κινούμενοι από τυχοδιωκτισμό- υπέκυψαν. Η συντριπτική πλειοψηφία διατήρησε σε υψηλά επίπεδα το εθνικό φρόνημα, γεγονός που ερέθιζε τους Βουλγάρους και ενέτεινε την καταπίεση και τα τρομοκρατικά μέτρο.Το βουλγαρικό κράτος κατέβαλε κολοσσιαίες προσπάθειες για να αλλοιώσει την εθνολογική σύνθεση του πληθυσμού και οι εφημερίδες κατακλύζονταν με δηλώσεις και άρθρα που προέτρεπαν σε μετανάστευση προς τη Θράκη και την ανατολική Μακεδονία
Ο Βούλγαρος πρωθυπουργός Φίλωφ, σε συνέντευξή του στη γερμανική εφημερίδα Μπέντσεν Τσάιτουνγκ (19 Νοεμ. 1941) καθόριζε ως εξής το εποικιστικό πρόγραμμα: …αρχίζει ο νέος εποικισμός εις την περιοχήν του Αιγαίου Πελάγους, διότι εκεί είναι το ζήτημα του πληθυσμού το πλέον επείγον… Θα εποικιστούν τη βοήθεια εξαιρετικών μέτρων της κυβερνήσεως κατά τας επομένας εβδομάδας και μήνας χιλιάδες βουλγαρικαί οικογένειαι. Αι κυριώτεραι αποφάσεις είναι οι εξής: Τας κατοικίας, τα κτίρια και το απαιτούμενον υλικόν θα το πληρώσουν ες τα 35% της πραγματικής των αξίας, αλλά και το ποσοστόν αυτόν θα πληρωθεί ατόκως εις ετησίας δόσεις. Εκτός αυτού, το κράτος μεταφέρει δωρεάν δια τους εποίκους το έμψυχον και άψυχον υλικόν των. Εκτός του ότι είναι απηλλαγμένοι πάντες φόρου επί πολλά έτη, τους δίδονται κρατικά δάνεια με την πιθανότητα συν τοις άλλοις να αγοράσουν γεωργικάς μηχανάς. Με την πραγματοποίησιν αυτού του εποικιστικού προγράμματος θα έχει συμπληρωθεί το πρώτον βήμα δια την εξίσωσιν αυτών των περιφερειών προς την μητρόπολιν?. Εντούτοις ο ρυθμός του εποικισμού έβαινε βραδύτατα και η βουλγαρική κυβέρνηση για να εντείνει το εποικιστικό ρεύμα παραχωρούσε όλο και περισσότερα προνόμια στους μελλοντικούς εποίκους. Στην περιοχή της Ξάνθης μέχρι τις αρχές Μαΐου του 1942, είχαν εγκατασταθεί 5.000 οικογένειες, εκ των οποίων 1.500 στην πόλη της Ξάνθης, η οποία ήταν και έδρα της Γενικής Διοίκησης Αιγαίου. Το κέντρο της πόλης παρουσίαζε βουλγαρική όψη, αλλά όταν προχωρούσε κάποιος προς τις συνοικίες αντιλαμβανόταν πόσο επίπλαστη ήταν η βουλγαρική εμφάνιση. Στην πόλη της Κομοτηνής, μέχρι τον Απρίλιο του 1942 είχαν εγκατασταθεί 6-7 χιλιάδες άτομα, οι περισσότεροι των οποίων ήταν δημόσιοι υπάλληλοι. Οι εγκαταστάσεις στην ύπαιθρο ήταν ελάχιστες.
Σύμφωνα με τη στατιστική της βουλγαρικής εφημερίδας Ζορά (19 Φεβρ. 1942) η προσαρτηθείσα περιοχή του Αιγαίου περιελάμβανε έκταση 14.168 τ.χλμ. και πληθυσμό 590.000 κατοίκων, από τους οποίους 400.000 Έλληνες, 80.000 Βούλγαροι. 70.000 Μουσουλμάνοι (στη Θράκη) και οι υπόλοιποι Εβραίοι και Αρμένιοι. Η μέση πυκνότητα του πληθυσμού σύμφωνα με τη στατιστική, ήταν 41,6 κάτοικοι για κάθε τετραγωνικό χιλιόμετρο, ενώ η μέση πυκνότητα του πληθυσμού της Παλαιάς Βουλγαρίας ήταν 61,9. Η εφημερίδα υπολόγιζε ότι αυτή η μέση πυκνότητα μπορούσε να επιτευχθεί και στην περιοχή του Αιγαίου λόγω της πλουτοπαραγωγικής της δυνατότητας. Άρα, πρόθεση των Βουλγάρων ήταν να προσθέσουν τουλάχιστον 17 ακόμα κατοίκους ανά τετρ. χλμ., δηλαδή 250.000 άτομα επιπλέον του υπάρχοντος πληθυσμού.
Μια άλλη βουλγαρική εφημερίδα, η Μπουλγκάρσκι Γιουγκ, έγραφε στις 14 Νοεμβρίου 1942: τέσσερις φορές κατά την εξέλιξίν μας το βουλγαρικό έθνος κατέλαβε το Αιγαίο δια να αποκτήσει διέξοδον προς την ελευθέραν θάλασσαν και θύραν προς τον ευρύν κόσμον…Το πεπρωμένο, η ιστορική δικαιοσύνη, διόρθωσε πλέον τα λάθη… Τούτο ήνοιξε το δρόμο της διεξόδου μας προς το νότον, προς το Αιγαίον. Σήμερον ο βουλγαρικός χείμαρρος ρέει επί της παλαιάς κοίτης του….
Οι δυσμενείς όμως εξελίξεις για τον άξονα και ιδιαίτερα η κάθοδος των σοβιετικών στρατευμάτων στη Βουλγαρία (9 Σεπτεμβρίου 1944) -της οποίας κατέρρευσε το φασιστικό καθεστώς και μετατράπηκε σε κομμουνιστικό κράτος-επηρέασαν και την κατάσταση στη Θράκη. Τα βουλγαρικά στρατεύματα, μετά από πιέσεις των δυτικών συμμάχων, υποχρεώθηκαν να εγκαταλείψουν την περιοχή (10-20 Οκτωβρίου 1944), τη διοίκηση της οποίας εν τω μεταξύ είχαν αναλάβει οι ανταρτικές δυνάμεις του ΕΛΑΣ, μέχρι το Μάρτιο του 1945, οπότε και έφθασαν οι δυνάμεις της εθνοφυλακής.Οι καταστροφές που υπέστη η Θράκη και η ανατολική Μακεδονία ήταν οι μεγαλύτερες στη διάρκεια του αιώνα.
Ήταν οι μόνες περιοχές που ενσωματώθηκαν στη Βουλγαρία και για τέσσερα περίπου χρόνια λειτούργησε ένας συγκροτημένος μηχανισμός αφελληνισμού και εξάρθρωσης κάθε δραστηριότητας των Ελλήνων κατοίκων τους. Όλοι οι παραγωγικοί κλάδοι, η γεωργία, το εμπόριο, η βιοτεχνία καταστράφηκαν εκ βάθρων. Ο πληθυσμός μετά από τις μαζικές εκτοπίσεις προς τη γερμανοκρατούμενη Ελλάδα αλλά και τις εκτελέσεις, αραίωσε. Στην κωμόπολη της Ξυλαγανής 29 νέοι άνδρες εκτελέστηκαν, αφού προηγουμένως βασανίστηκαν φριχτά. Το κενοτάφιο που ανεγέρθηκε εκ των υστέρων καθώς και το όνομα ενός από τους εκτελεσθέντες, του Πασχάλη Καλλιγά, που δόθηκε σε στρατόπεδο της Ξυλαγανής, θυμίζουν τη μαύρη αυτή πτυχή της νεότερης ιστορίας της Θράκης.Ο εμφύλιος πόλεμος που συντάραξε την Ελλάδα στα 1946-49 επισσώρευσε νέα δεινά και ανέστειλε κάθε πρόοδο. Στις δύο αυτές περιόδους (βουλγαρική κατοχή και εμφύλιος) θα μπορούσε να αναζητηθεί ένα ποσοστό των ιστορικών αιτιών της υπανάπτυξης που ταλανίζει σήμερα τη Θράκη.